Les entrepôts secrets du complexe, construits sous-terre et méconnus de la plupart de ses occupants, abritent tous les secrets de la Main de Thrawn, ainsi que l'ensemble de ses archives. Autrefois, de nombreux cylindres Spaarti et des clones du grand amiral Thrawn y étaient entreposés, mais à cause de l'intervention de Luke, tous les clones ont été tués.